अर्जुना नदीपात्रामध्ये कोंढेतड पूल ते बंदरधक्का या परिसरामध्ये कोंढेतडच्या बाजूने मोठ्या प्रमाणात गाळाचा संचय झालेला आहे. त्यातून कोंढेतडच्या बाजूने सरळ अर्जुना-कोदवलीच्या संगमाकडे जाणारा पाण्याचा प्रवाह काहीसा पुंडलिक मंदिराच्या बाजूला वळत आहे. त्यामुळे सुशोभित करण्यात येत असलेल्या या मंदिराला भविष्यामध्ये धोका निर्माण होण्याची शक्यता नाकारता येण्यासारखी नाही. त्यामुळे कोंढेतड पूल ते बंदरधक्का परिसरातील कोंढेतडच्या बाजूच्या गाळाचा उपसा व्हावा, अशी मागणी सतत केली जात आहे.
अनेक वर्षापासून राजापूरकरांची डोकेदुखी ठरलेला प्रश्न म्हणजे शहरातून वाहणाऱ्या कोदवली आणि अर्जुना नदीपात्रामध्ये वर्षानुवर्षे साचलेला गाळ. नदी पात्रांमध्ये मोठ्या प्रमाणात साचलेल्या या गाळामुळे पावसाळ्यामध्ये वारंवार पूरस्थिती निर्माण होऊन राजापूर शहराच्या गतीमान चक्राला पावसाळ्यामध्ये अनेकवेळा ब्रेक लागतो. त्यामुळे दोन्ही नदीपात्रांसह संगमावर साचलेल्या गाळाचा उपसा व्हावा, अशी मागणी गेल्या कित्येक वर्षापासून केली जात आहे.
सद्यःस्थितीमध्ये कोंढेतड पूल ते बंदरधक्का या परिसरामध्ये, नदीच्या कोंढेतड बाजूला मोठ्या प्रमाणात गाळाचा साठा झाला आहे. या गाळामुळे कोंढेतड पुलाच्या येथून वाहत येणारा पाण्याचा प्रवाह मार्ग कोंढेतडच्या बाजूला अडकला जाऊन तो पुंडलिक मंदिराच्या दिशेकडे आपोआप वळतो आहे. या स्थितीमुळे गतवर्षी या बदललेल्या प्रवाहाचा फटका बसून पुंडलिक मंदिराच्या पायाच्या बांधकामाचे मोठ्या प्रमाणात नुकसान झाले होते. गतवर्षीप्रमाणे यावर्षीही नदीच्या पाण्याचा प्रवाह राहिल्यास पुंडलिक मंदिराला धोका निर्माण होण्याची शक्यता आहे.
नदीच्या पाण्याचा प्रवाह मंदिराच्या दिशेने वा बाजूने राहिल्यास पूरस्थितीमध्ये बंदरधक्का परिसर आधीच्या तुलनेमध्ये लवकर पुराच्या पाण्याखाली जाईल. त्यामुळे कोंढेतड पूल ते बंदरधक्का परिसरातील कोंढेतडच्या बाजूचा गाळाचा उपसा करावा, अशी मागणी केली जात आहे.
कोंढेतड पुलाच्या बांधकामापासून काही फुटाच्या अंतरावर वरच्या बाजूला नदीपात्रामध्ये तिरक्या रेषेमध्ये अनेक वर्षापूर्वी दगडी बंधारा बांधण्यात आलेला आहे. या बंधार्यामुळे पुंडलिक मंदिराच्या येथून बंदरधक्का परिसराकडे सरळ खाली वाहत येणारे नदीचे पाणी कोंढेतडच्या बाजूने वळण्यास मदत होते. परंतु या ठिकाणी साचलेल्या गाळामुळे पाण्याचा प्रवाह कोंढेतडच्या बाजूने पुढे संगमाच्या दिशेने न जाता पुंडलिक मंदिर-बंदरधक्का परिसराकडे वळत असल्याने मंदिराला धोका निर्माण होत आहे.